乾隆三十六年四月，鄭國卿率領打箭爐廳（今康定）明正司土兵在小金川以西喀勒塔爾和章谷屯（今丹巴），分兵兩路負防守之責。繼而當年八月，參加會攻小金川，奪取章谷屯等處碉寨百餘座，戰鬥異常激烈，鄭國卿奮力攻奪，身受四處石傷，回營調養一年，傷愈後仍回軍營效力。乾隆三十七年奉命由格布希咱進軍金川，攻奪石碉及水寨，受到參贊大臣阿桂的表彰，升任四川永寧協副將。由於金川西南革布希咱境內的默資溝盛產琉璜，為防止藏族土司兵利用琉換製造火炮，鄭國卿奉命將默資溝時刻嚴查，不許一人私挖。乾隆四十年 （1775年）十二月，鄭國卿帶領後路綠營兵和土兵參加了對金川的最後圍剿。乾隆四十一年十二月，金川被平定，鄭國卿留營參加辦理善後事宜。乾隆四十五年改授湖廣督標中軍副將，四年後升任福建建寧鎮總兵。
乾隆五十二年（1787年）九月，鄭國卿奉命統率福建泉州兵三千名，到台灣西海岸的鹽水港，參與鎮壓林爽文起義。第二年二月，鄭國卿所部主要在台灣府城（今台南市）東北部的大武隴一帶，參子圍剿以莊大田為首領的南路起義軍。乾隆五十五年鄭國卿因傷病未愈而休退。
乾隆皇帝以鄭國卿曾在金川等處為清廷效力，屢著勞績，且熟習軍事，讓他病癒後到北京引見，以便酌量錄用。嘉慶三年 （1798年）十月，鄭國卿病逝世於雲南阿迷州原籍。他的生年不詳，乾隆十年（1745年）為武進士時如果是二十歲到二十五歲左右的青年，嘉慶三年他病故的時候，應該是七十多歲的老人了。鄭國卿的兒子永江，嘉慶三年為武舉人，可謂武將世家。
